在接下来的日子里，众人与智慧生物一同生活，学习他们如何与自然、与其他生物和谐相处。郑宇学会了与星球上的猛兽和平交流，林夕则领悟到通过精神共鸣来化解矛盾的方法。陈硕在与智慧生物的交流中，对和谐的代码源本质有了更深的理解。

经过一段时间的学习，智慧生物认为他们已经具备了获取和谐宝石的资格。他们带领众人来到一座位于山谷深处的神秘洞穴。洞穴中，一颗散发着五彩光芒的宝石悬浮在空中，正是和谐宝石。众人小心翼翼地拿起宝石，感受到一股温暖而强大的和谐之力涌入体内。

“黎明号” 带着三颗宝石回到地球，在一处特殊的净化场地，科研团队在林夕、郑宇等人的协助下，启动了黑暗代码源的净化仪式。将光明、秩序与和谐宝石放置在黑色晶体周围，按照特定的顺序和频率注入能量。

随着仪式的进行，黑色晶体开始剧烈震动，内部的黑暗代码源能量疯狂涌动，试图抗拒净化。但在三颗宝石强大力量的压制下，黑暗能量逐渐被分解、净化。经过漫长而艰难的过程，黑色晶体终于发出一道纯净的光芒，黑暗代码源被成功净化。

这一成果震惊了整个宇宙。各个代码源文明纷纷向地球发来祝贺，地球文明在宇宙中的地位得到了前所未有的提升。林夕站在地球的指挥中心，望着窗外的星空，心中充满感慨。经过无数次的冒险与挑战，他们终于为宇宙的和平与稳定做出了巨大贡献。但她知道，宇宙中还有无数未知等待着他们去探索，新的使命或许就在不远的将来。“黎明号” 将继续承载着地球文明的希望与勇气，驶向更加广阔的宇宙，书写属于他们的传奇故事，为守护宇宙的和谐与美好而不懈努力 。