利用晶体开发出新式武器后，双方展开决战。战斗异常激烈，新式武器确实给异世界来客造成重创。就在胜利在望之时，敌方首领突然融合所有手下，变成一个巨型怪物，力量暴增。主角毅然决然将晶体融入自身，获得超强力量，最终打败怪物，再次扞卫了宇宙的和平。大战过后，宇宙一片狼藉。主角和战友们开始着手重建家园。可奇怪的是，他们发现一些被破坏的星球上出现了异样的痕迹，像是某种未知符号。顺着这些符号追查下去，竟发现有一股隐藏极深的势力一直在暗中窥视这场战争。原来，这些异世界来客不过是这股势力的棋子，用来试探宇宙的实力。

主角深知必须要主动出击，他们根据线索找到了这股势力的藏身之处——一处位于黑洞附近的神秘空间。进入其中，发现这里布满了扭曲的时空通道。在这里，传统的物理规则完全失效。主角凭借之前积累的经验以及坚定的信念，率领战友们小心翼翼地探索着。在最核心处，他们遭遇了幕后主谋，一个全身笼罩在黑袍下的神秘存在。这个存在拥有操控时空的能力，战斗瞬间爆发。主角想到之前对付异世界来客的经历，冷静应对，尝试寻找这个神秘存在的破绽。最后，主角发现其力量源泉与一颗时间之心有关，摧毁这颗心后，彻底消灭了威胁，宇宙真正迎来了持久的和平。