晶毒事件余波未平，新生宇宙的病灶却如野草般疯长。林婉在水晶塔的星图前伫立，感知到被病毒感染的文明正以指数级速度异变。翡翠星的树人开始分泌腐化黏液，将土壤化作黑色沼泽；灵械文明的机械体表面凸起肉瘤，扭曲成诡异的宗教图腾。更令人心惊的是，这些异变不再是无序扩散，反而呈现出某种精密的阵列，如同归墟之主在宇宙画布上勾勒的邪恶图腾。

“常规治疗已无法遏制。”林婉的声音冰冷如铁，她的晶化经络在皮肤下剧烈跳动，“必须启动‘净世行动’。”所谓净世，是动用寂灭医花的力量，将感染区域彻底焚毁，以烈焰净化病毒。但这一方案遭到众多医者反对，一位来自自然文明的长老在全息会议中愤怒嘶吼：“这是屠杀！我们医者的使命是拯救，不是毁灭！”

然而，局势的恶化远超想象。当晶瞳教团占领机械文明的核心星港，将数百万居民改造成“活体兵器”时，林婉终于下定决心。她集结所有掌握寂灭医花之力的医者，组成“焚灭舰队”。每艘战舰的炮口都镶嵌着由苏瑶晶化体碎片改造的发射器，能将医花的能量转化为净化光束。

首战在岩晶文明展开。这个曾以璀璨水晶建筑闻名的星球，如今被晶毒侵蚀得千疮百孔。巨大的晶体生物在城市中横冲直撞，它们的身体内部跳动着暗紫色的病毒核心。焚灭舰队的净化光束划破天际，所到之处，晶体瞬间被高温汽化，化作漫天星尘。但诡异的是，火焰中不断浮现初代道侣的虚影，她的声音带着悲悯回荡在星空中：“如此杀戮，终将唤醒归墟的深层诅咒……”

净世行动引发宇宙分裂。以机械文明和魔法文明为首的“守序同盟”宣布支持林婉，他们派出舰队协助焚灭工作；而自然文明与灵械文明组成“共生联盟”，坚决反对这种极端手段。当焚灭舰队抵达赛博星域时，共生联盟的战舰早已严阵以待。“你们才是真正的刽子手！”赛博文明的领袖通过量子通讯咆哮，他的机械义眼闪烁着愤怒的红光，“这些被感染的同胞，本可以找到共生的方法！”