时空之战结束后，宇宙并未迎来预想中的平静。被修复的时间线虽暂时遏制了归墟之主的阴谋，但散落各处的熵毒孢子持续变异，催生出融合不同文明特质的新型威胁。机械文明的废墟中爬出由报废医疗机器人重组的“熵械兽”，魔法文明的森林里生长出会释放诅咒迷雾的“病源花”，这些怪物的核心都跳动着暗紫色的熵核，散发着令人作呕的治愈光芒。

面对愈演愈烈的危机，宇宙各文明被迫联合，但联盟会议上却陷入激烈争吵。科技文明代表拍案而起：“必须用轨道炮彻底清扫感染区域，任何与熵能接触的存在都该被抹除！”自然文明的长老则愤怒反驳：“盲目毁灭只会制造更多废墟，我们应尝试净化而非杀戮！”林婉与秦逸的意识融合体在会议上空闪烁，他们的声音带着历经时空的沧桑：“对抗熵增的关键，从来不是非黑即白的选择。”

在翡翠星的无医书院，明渊带领学徒们日夜研究对抗方案。他们发现，单纯的治愈或毁灭手段都只会刺激熵核进化，唯有找到与熵能共生的平衡点，才能打破僵局。林婉与秦逸引导众人将共生树的枝条与秦逸的银针熔铸，培育出一株特殊的“共生荆棘”——其藤蔓既能缠绕并净化熵毒，尖刺又能释放麻痹敌人的神经毒素，花朵绽放时更会散发出安抚生命体的香气。

当第一支装备共生荆棘的联合部队出征时，他们遭遇了前所未有的战斗。在半机械文明的锈铁星，熵械兽的合金利爪轻易撕裂普通武器的攻击，却被共生荆棘的藤蔓缠绕后，表面的腐蚀纹路逐渐消退；在魔法文明的迷雾岛，病源花释放的诅咒迷雾让士兵们互相攻击，而荆棘花朵的香气却能唤醒他们的理智。然而，随着战斗推进，归墟之主似乎察觉到了威胁，熵核开始进化出对抗共生能量的特性。

更棘手的是，联盟内部的矛盾因战果分歧再度激化。激进派秘密启动“归零计划”，意图用反物质炸弹摧毁所有感染星系；温和派则暗中与部分变异生命体接触，试图谈判和解。明渊在追踪情报时，意外发现归墟之主的意识正在利用这些矛盾，他通过熵核向不同阵营传递虚假信息，进一步加剧对立。