终末螺旋逆转后的宇宙，在千疮百孔中艰难喘息，却仍未能摆脱混沌的阴影。以「能量守恒」为根基的「恒源宇宙」里，维持星系运转的巨型能量矩阵突然开始逆向运行，恒星的光芒被暗紫色的熵寂雾霭吞噬，行星的核心能源急速流失，化作漂浮在宇宙中的冰冷残骸。能源工程师们惊恐地发现，矩阵核心竟长出暗紫色晶体，将吸收的能量转化为加速宇宙熵增的腐蚀力。

「梦境织造宇宙」同样陷入绝境。梦境河流被暗紫色的噩梦淤泥堵塞，美好的梦境被扭曲成吞噬意识的深渊。织梦师们的银梭沾染混沌之力，编织出的不再是希望图景，而是将人困在永恒恐惧中的牢笼。现实世界里，大量居民陷入深度昏迷，他们的意识被困在噩梦循环中，身体逐渐干瘪，沦为承载混沌的躯壳。

文明联盟的量子监测网在频繁过载中濒临报废，最后的监测画面显示：宇宙各处残留的暗紫色能量正在进行「熵化共鸣」，它们以一种超越时空的方式连接，在宇宙深处构建出一个巨大的「熵寂引擎」。不完美之种最后的意识残片闪烁着微弱光芒，传递出最后的讯息：「熵寂终章...一切归于虚无...」

雷恩召集残存的觉醒者，启动「逆熵方舟」计划。但经历多次大战后，资源与人力已极度匮乏。能源专家艾琳带领团队奔赴恒源宇宙，他们驾驶着改装后的「熵减号」飞船，携带能中和暗紫色晶体的「秩序催化弹」。然而在靠近能量矩阵时，遭遇了由熵增能量凝聚而成的「熵骸守卫」，这些守卫能将任何能量攻击转化为加速熵增的力量，飞船的防御系统在攻击下迅速崩溃。

梦境守护者莱昂率领小队深入梦境织造宇宙，试图净化被污染的梦境河流。他们携带的「心光罗盘」能指引纯净梦境的方向，却在逆流而上时，不断遭遇噩梦具象化的怪物。其中最可怕的「梦魇巨鳄」，能将触碰到的一切卷入无尽的黑暗梦境。莱昂发现，唯有收集散落在梦境废墟中的「希望萤火」，才能削弱怪物的力量。

雷恩亲自带领精锐部队，前往熵寂引擎的所在地——一片被称为「混沌坟场」的死寂星域。这里漂浮着无数文明的残骸，暗紫色的能量如同潮水般涌动，熵寂引擎巨大的轮廓在能量漩涡中若隐若现。混沌原始意志的残识再次凝聚，她的形态与熵寂引擎融为一体，发出冰冷的笑声：「雷恩，熵寂是所有文明的宿命，你们的挣扎不过是在谱写最后的挽歌！」