混沌之种的危机平息后，秦逸与林婉并未迎来预想中的安宁。宇宙暗网突然流传出一段加密影像：林婉石化期间的意识曾被熵蚀会截取，她的记忆深处藏着足以重启归墟引擎的“女娲密钥”。这则消息如投入死水的巨石，让刚刚结盟的自由残缺派与火种重启派再次陷入猜忌，各方势力的目光重新聚焦在林婉身上。

“他们不会放过我的。”林婉轻抚着仍未完全恢复的石化手臂，月光透过飞船舷窗洒在她苍白的脸上，“女娲密钥根本不存在，可没人会相信。”秦逸将她轻轻揽入怀中，神农传承的温厚力量顺着掌心流入她体内：“有我在。我们先去观星阁遗址，那里或许藏着破解记忆封印的线索。”

然而，当他们抵达时，观星阁废墟已被神秘组织“织夜者”占领。这些身着银黑战甲的战士周身缠绕着量子丝线，所过之处空间如布料般被割裂重组。“秦逸，林婉。”为首的织夜者掀开面罩，露出半张机械义脸，“交出女娲密钥，否则你们将永远困在时间褶皱里。”话音未落，无数银丝如蛛网般笼罩过来，将两人拖入扭曲的时空夹缝。

被困在时间乱流中的秦逸与林婉，发现自己不断穿梭在过去与未来的片段中。他们目睹了初代神农创造医道星核的场景，也看到了某个未来里宇宙被机械文明吞噬的末日景象。在一个破碎的时空中，林婉突然抓住秦逸的手：“你看！”只见年幼的林婉正在接受神秘老者的传承，老者手中握着的玉牌，竟与秦逸在青山村获得的神农信物一模一样。

“这不是巧合。”秦逸运转医道之力，试图稳定紊乱的时空，“我们的命运从一开始就被编织在一起。”就在此时，时空裂缝中传来白焰的呼喊。原来白焰感应到两人的危机，带着剩余的医道星核赶来。星核的光芒与秦逸的神农之力共鸣，在乱流中开辟出一条通道，三人终于脱困。

织夜者的真实目的逐渐浮出水面。他们是一群被熵蚀会改造的“时间难民”，因承受不住混沌能量的侵蚀，企图利用女娲密钥重启归墟引擎，将时间拨回宇宙初始状态。首领的机械义眼闪烁着疯狂的红光：“只有归零，才能终结所有痛苦！”他操控着时间丝线，将整片星域的时间流速调至极致——恒星的诞生与毁灭在刹那间循环，行星如尘埃般湮灭重生。