危急关头，秦溯启动“本源共鸣计划”。他号召全宇宙的生命体回溯种族起源的记忆：原始部落对自然的敬畏、机械文明诞生时的第一行代码、魔法种族与元素签订契约的神圣时刻。这些承载着生命本源的记忆，通过量子网络汇聚成璀璨的“本源星河”，注入秦溯的青铜罗盘。秦曦则带领科研团队，利用神农遗迹中的古老技术，制造出“本源锚定装置”，试图稳定即将崩溃的宇宙法则。

最终决战在归元祭坛展开。秦溯高举燃烧着本源星河的罗盘，与归元使者展开力量对决。在光芒的照耀下，归元使者的身体开始出现裂痕，他看到了无数文明在发展过程中绽放的独特光芒：机械族用科技温暖生命，魔法精灵用自然之力守护家园，人类在困境中永不放弃的坚韧。“原来...多样性才是宇宙最珍贵的本源...”归元使者的声音逐渐虚弱。

随着归元使者的消散，归元核晶停止了疯狂运转，溯本能量开始逆向流动，将扭曲的法则与分解的生命形态重新修复。古墟星域的晶体牢笼化作滋养万物的星尘，归元核晶则分裂成无数“本源火种”，洒向宇宙各处。

危机过后，秦溯在青山村的医道传承院建立了“本源圣殿”，用于保存和研究各个文明的起源记忆。新立的石碑上刻着：“归元非终结，万象自本源。”宇宙中的生命体们终于懂得，守护生命的多样性与独特性，便是守护宇宙最本真的模样。而在星河的深处，秦逸与林婉的星光依旧明亮，见证着万物在本源的滋养下，开启全新的征程。