永恒轮回碑的星火照亮新生星云后，宇宙在看似平静的表象下暗流涌动。无界医盟的多维预警系统突然捕捉到一组来自宇宙诞生之初的“混沌波动”，古老的星系核心开始渗出墨色的混沌物质，所到之处，物理法则、能量秩序与生命形态都被解构为最原始的无序状态。更令人恐惧的是，宇宙中出现了无数个“混沌漩涡”，它们如同时空的伤口，不断向外喷射着足以吞噬一切的混沌能量，连存在圣坛与永恒轮回碑的光芒都在波动中变得黯淡。

秦溯在医道传承院察觉异动时，老槐树残存的灰烬突然腾空而起，在空中凝聚成初代神农与秦逸重叠的虚影。虚影手中握着一柄半透明的钥匙，钥匙上刻满了宇宙从诞生到此刻的所有文明印记：“混沌非敌，亦非友，而是万物的本源回响。当原始之力复苏，唯有回归本心，方能在无序中寻得新的秩序。”与此同时，秦曦的实验室被混沌能量侵蚀，所有精密仪器开始逆向运转，最终融合成一个不断膨胀的混沌球体，球体表面浮现出无数陌生的符号与图腾。

循着混沌波动的源头，探索小队踏入宇宙核心的“混沌之源”。这里是一片沸腾的原始能量海洋，光与暗、物质与反物质、生与死在此刻交织碰撞。混沌之源的中央，一座由破碎的创世法则与未成形的宇宙胚胎堆砌而成的“混沌圣殿”缓缓升起，殿中走出一个身形由无数矛盾概念组成的身影——自称“混沌主宰”的存在。他的声音裹挟着创世与毁灭的双重震颤：“秦溯，你们守护的所谓秩序，不过是短暂的泡影。唯有回归混沌，让一切重归本源，宇宙才能获得真正的新生。”

混沌主宰挥动权杖，混沌漩涡开始疯狂扩张，混沌能量如末日洪流般席卷宇宙。被波及的星球，地貌在瞬间被重塑为混沌的几何形态，生命体的基因链开始随机重组，文明的科技与魔法在混沌之力下分崩离析。自由残缺派与火种重启派的联合防线在混沌浪潮中支离破碎，他们的武器发射出的能量瞬间被消解，防御工事也在接触混沌物质的瞬间化为乌有。秦溯发现，常规手段在混沌之力面前如同孩童的玩具，唯有找到能与混沌本源共鸣的“万物之心”。

生死存亡之际，秦溯发起“本源共鸣计划”。他号召全宇宙的生命体回溯生命最本真的状态：单细胞生物对生存的本能渴望、原始部落与自然的和谐共生、智者对宇宙真理的纯粹追求。这些跨越时空的本源之力，通过量子网络汇聚成“万物之光”，注入秦溯的青铜罗盘。秦曦带领团队，利用永恒轮回碑与存在圣坛的联合能量，制造出“混沌调和矩阵”，试图在无序中构建新的平衡。