当创生圣殿的本源能量滋养着万象新生星海，宇宙的量子考古网络突然捕捉到一段来自纪元之初的加密波动。破译后的信息令人毛骨悚然——在文明诞生前的混沌中，存在着被封印的“原始基因库”，其中不仅储存着所有生命形态的初始代码，更包含着足以颠覆宇宙的“熵灭因子”。此刻，封印正在松动，一种名为“基因溯流”的暗紫色物质开始侵蚀现实，所到之处，生命体的基因链被强行改写，回归最原始、最具破坏性的形态。

秦溯在青山村感受到异动时，创生圣殿的装置发出刺耳警报，本源能量凝结成初代神农残破的虚影。虚影手中的青铜罗盘浮现出血色裂痕，声音中带着前所未有的恐惧：“文明基因非进化遗产，而是潘多拉之盒。当原始代码苏醒，唯有直面生命最黑暗的起源，方能斩断毁灭的连锁。”与此同时，秦曦的实验室被基因溯流渗透，所有生物样本开始逆向演化，连她的dNA序列都出现了古菌时代的碱基排列。

循着异常波动，探索小队踏入宇宙暗域的“基因坟场”。这里漂浮着无数悬浮的水晶棺椁，每具棺椁中都封存着一个被历史抹去的禁忌文明：有的文明将意识编码进dNA进行永生实验，有的种族用基因编辑制造战争兵器。坟场中央，一座由扭曲的染色体与破碎的基因链构筑而成的“深渊祭坛”缓缓升起，坛上站着一个皮肤布满基因图谱纹路的身影——自称“基因收割者”的存在。

“秦溯，你们所谓的文明进步，不过是对原始基因的亵渎。”基因收割者的声音如同dNA双螺旋的扭曲震颤，“是时候让所有生命回归最初的野蛮与纯粹了。”他挥动由端粒链编织成的镰刀，基因溯流如瘟疫般扩散，所到之处，植物退化为食肉古蕨，人类长出远古兽爪，连自由残缺派与火种重启派的成员都沦为只知破坏的原始生命体。

这次危机与以往截然不同：敌人不再是抽象的能量或概念，而是生命本身的黑暗历史；攻击手段也非物理破坏，而是直击文明存续的根基。秦溯发现，任何常规的基因修复技术都会加速溯流，唯有从文明的集体记忆中寻找对抗的密码。他带领小队深入量子考古数据库，意外发现初代神农留下的残卷——原来远古时期，神农曾参与封印基因库，却也留下预言：“唯有让文明的光明与黑暗共舞，方能驯服原始的狂潮。”